Sérdeild Í Lækjarskóla er sérdeild sem er opin öllum skólahverfum bæjarins fyrir nemendur á unglingastigi með væga þroskaröskun eða alvarlega námserfiðleika. Allir nemendur sérdeildarinnar eru skráðir í almenna bekki skólans. Sá bekkur sem nemandi er skráður í er í daglegu tali nefndur tengslabekkur og taka nemendur þátt í bekkjarstarfinu að einhverju marki. Hámarksfjöldi í deildinni eru tólf nemendur. Einstaklingsnámskrá er gerð fyrir nemendur í upphafi skólaárs og endurmetin á milli anna. Við reglulegt mat á námi nemenda eru framfarir metnar og tekið er tillit til breytinga við gerð nýrrar áætlunar. Starfstími sérdeildar fylgir skóladagatali Lækjarskóla. Deildarstjóri sérkennslu- og stuðningsþjónustu ber ábyrgð á faglegu starfi deildarinnar. Umsókn um nám í sérdeild er alltaf háð vilja og samþykki foreldra en er einnig byggð á faglegu mati heimaskóla nemenda. Foreldrar eða forsjáraðilar sækja um nám í sérdeildinni hjá deildarstjóra stoðþjónustu skólans og hjá Mennta- og lýðheilsusviði Hafnarfjarðarbæjar. Umsóknarfrestur rennur út 30. mars á hverju ári. Umsókn í sérdeild er oft unnin í samráði við deildarstjóra sérkennslu í heimaskóla nemandans eða fagaðila á Mennta- og lýðheilsusviði Hafnarfjarðar. Inntökuteymi skipað skólastjóra Lækjarskóla, deildarstjóra stuðningsþjónustu og sérkennslufulltrúa Mennta- og lýðheilsusviðs Hafnarfjarðar fjallar um umsóknina og sér um innritun.
